Academic lecture | Ying Sims: Genome Assembly Validation Common Assembly issues and Strategies for improvements

2019年12月27日上午,海洋科学学院海洋科学学术讲座在中山大学珠海校区教学楼F204举办,英国桑格研究所生物信息学家Ying Sims以“Research review in the genome campus”为题,简要介绍了近年来她所参与过的研究项目;当日下午,Sims博士在教学楼A404进行了题为“Genome Assembly Validation Common Assembly issues and Strategies for improvements”的学术报告,海洋科学学院相关研究方向的师生到场听取报告。

Sims博士先为师生们介绍了她的工作所在地Sanger研究所的主要研究方向,‘Cancer, Ageing and Somatic Mutation’,‘Cellular Genetics’,‘Human Genetics’,‘Parasites and Microbes’,‘Tree of Life’,进而具体地介绍了这五个方向的研究项目,其中包括了大家所熟悉的’COSMIC‘、’VGP‘等。事实上,Sims博士也参与到了其中一些项目之中,例如诱导多能干细胞(iPSCs)项目等,她为在场师生展示了这些项目的具体研究内容,解释了大致研究路线,还介绍了一些她在研究工作过程中所使用到的pipline和常用的分析手段以及自己开发的小工具。最后,Sims博士为师生们介绍了欧洲生物信息研究所(EMBL-EBI),提供了又一个获取资源的好平台。上午的讲座就此告一段落。

下午14:30分,学术报告在教学楼A404准时开始。Sims博士以基因组组装为主题展开报告。她先谈到,裸数据经过一定的处理后进行组装,其错误率可能依然较高,需要通过不断地添加信息来对序列进行修补。Sims提出,gEVAL是她们现在常用到的质量评价浏览程序,而经过gEVAL评价以后,还会经过人工的校正,基因组的组装校正才算是完成。随后还要经过Blobtoolkit对目标基因组的分析评价该样品中的该基因组是否具有可信度。Sims还提到她们如何利用Hi-C热图和GC content图结合对染色体进行校正。Sims博士在报告中提到的一些问题,皆是基因组领域当前还极具争议或非常棘手的热点问题,在场师生均表现出极大的兴趣,在Sims博士报告结束后,现场展开了热烈的讨论。

最后,Sims博士与海洋科学学院卢建国副教授、王牧骅副教授及海院师生在在学院合影留念。

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