主要的Biopython发行版本有很多种功能，包括：

• 将生物信息学文件解析为Python可用的数据结构，包含以下支持的格式：
  • Blast输出结果 – standalone和在线Blast
  • Clustalw
  • FASTA
  • GenBank
  • PubMed和Medline
  • ExPASy文件, 如Enzyme和Prosite
  • SCOP, 包括‘dom’和‘lin’文件
  • UniGene
  • SwissProt

• 被支持格式的文件可以通过记录来重复或者通过字典界面来索引。
• 处理常见的生物信息学在线数据库的代码：
  • NCBI – Blast, Entrez和PubMed服务
  • ExPASy – Swiss-Prot和Prosite条目, 包括Prosite搜索

• 常见生物信息学程序的接口，例如：
  • NCBI的Standalone Blast
  • Clustalw比对程序
  • EMBOSS命令行工具
• 一个能处理序列、ID和序列特征的标准序列类。
• 对序列实现常规操作的工具，如翻译，转录和权重计算。
• 利用k最近邻接、Bayes或SVM对数据进行分类的代码。
• 处理比对的代码，包括创建和处理替换矩阵的标准方法。
• 分发并行任务到不同进程的代码。
• 实现序列的基本操作，翻译以及BLAST等功能的GUI程序。
• 使用这些模块的详细文档和帮助，包括此文件，在线的wiki文档，网站和邮件列表。
• 整合BioSQL，一个也被BioPerl和BioJava支持的数据库架构。